حدّد المرسوم المنشئ لبيت مال الزكاة الموريتاني أهدافه بما يلي:
جباية أموال الزكاة وصرفها وفقا لأحكام الشريعة الإسلامية وبما يحقّق مقاصد الشرع منها؛
الإسهام في تنظيم الزكاة وترشيدها، وتوجيهها لخدمة السياسات الاجتماعية والبرامج التنموية؛
تشجيع الأغنياء وميسوري الحال على الإسهام في سياسات التكافل الاجتماعي من خلال دفع الزكاة؛
تعميق البحث العلمي في أحكام الزكاة ونوازلها المعاصرة والتوعية المستمرة بأهمية إخراجها وإشاعة أحكامها بين الناس.